רישום פטנט על תוכנות מחשב ו/או אפליקציות אינו דבר טרוויאלי וקיימות לגביו הרבה מחלוקות במדינות העולם השונות. במשך השנים ולאור העובדה כי במציאות המודרנית המחשב מנהל את חיינו, השתנתה בהדרגה מדיניות זו ברוב משרדי הפטנטים.

ארה"ב היתה הראשונה שהכירה ברישום פטנט על תוכנות מחשב ונחשבה לבעלת מדיניות טולרנטית ביותר וזאת כבר בשנות ה-80. ארה"ב למעשה איפשרה רישום פטנט על תוכנה כאשר זו חלק מהתהליך שכמכלול ראוי להגנת פטנט. על פי מדיניות זו תוכנת מחשב צריכה להפיק תוצר מוחשי, ממשי ומועיל (useful, concrete and tungible). בשנות ה-90 חלה התגמשות נוספת בהגדרות של מוחשיות וממשיות. המדיניות "המתירנית" של ארה"ב זכתה להרבה ביקורת חיצונית ופנימית, אולם נראה כי לאט לאט מדינות העולם מקבלות על עצמן מדיניות דומה…

לפי חוקי הפטנטים האירופים, תוכנות מחשב כשלעצמן אינן ניתנות לרישום פטנט. אולם על פי פרשנות שהתהוותה בהליכים משפטיים, התפתחה מדיניות המאפשרת רישום פטנט על תוכנת מחשב כאשר יש להן "אפקט טכני" – פירוש המושג אפקט טכני אינו חד משמעי. הנחיות משרד הפטנטים להגדרה זו מחולקות למספר קטגוריות: שליטה בתהליך תעשייתי, עיבוד נתונים המייצגים אובייקטים פיסיים ממשיים או תפקוד פנימי של חומרת המחשב מעבר לאינטראקציות ה"נורמאליות" בין תוכנה לחומרה, כדוגמת: שיפור יעילות פעולת רכיבי המחשב, טיפול באבטחה או ניהול משאבי המחשב.
באופן כללי, המדיניות האירופית שמרנית ואינה מכירה בהרחבות שנעשו ע"י האמריקאי.

עד לפני כשנה הגישה בישראל אמרה כי תוכנות מחשב משולות ליצירה ספרותית וההגנה על זו הינה הגנת זכויות יוצרים ולא פטנט. אולם, ביום 12.1.2012 פרסם רשם הפטנטים, עו"ד אסא קלינג, הוראות עבודה חדשות לרשות הפטנטים בישראל בעניין אמצאות תוכנה. הוראות אלו מבטאות גישה חדשה של הרשות לרישום פטנטים בנושאי תוכנה בישראל ועל פי הוראות אלו, כאשר התוכנה מבצעת תהליך או אפקט טכנולוגי מוחשי ומדיד (כלומר ישנו ביטוי של תכונות פיזיות מדידות כגון מהירות, כמות וכו'), בנוסף על פעולתו "הרגילה" של המחשב או המערכת בה משולבת ההמצאה, ניתן יהיה לקבל פטנט (בתנאי כמובן שהתוכנה עומדת ביתר תנאי החוק – חדשנות, המצאתיות וניתנת ליישום תעשייתי).

הגדרות המוחשיות, ממשיות, אפקט טכני וכו' יוצרות מצב של חוסר בהירות לגבי השאלה אילו תוכנות אכן ירשמו כפטנט.
בפועל, למרות הדרישות המשפטיות המחמירות, אשר אמורות למנוע במרבית המקרים רישום פטנט על תוכנה, פטנט מבוסס תוכנה נרשם לעתים קרובות.

לסיכום, הפרקטיקה מוכיחה כי בפועל לא קיימת בעייתיות רבה להשיג רישום פטנט על המצאות מבוססות תוכנה. כאשר ההגנה על תוכנה באמצעות רישום פטנט הינה ההגנה החזקה ביותר.